插秧机作业时，如果机器本身存在故障或操作不当，会导致插秧不准确或插入过深，从而造成缺株现象。例如，插秧机的调整不当可能导致插秧速度过快或过慢，无法保证插秧的准确性。此外，插秧机可能存在机械故障，例如插秧刀不锋利或不适配，也会导致插秧不成功或缺株现象。
土壤条件和栽培管理不当也可能导致插秧机作业后缺株过多。例如，土壤质地不合适或土壤湿度过高、过低都会影响插秧的生长和生存。如果土壤质地松软度不够，插秧机插入后可能会在土壤中抖动，导致插秧不牢固，从而引发缺株现象。此外，如果插秧机作业后的土壤湿度过高或过低，也会导致插秧生长不良或根系无法扎根，进而造成缺株。
气候因素是另一个影响插秧机作业后缺株的重要原因。例如，如果插秧机作业时遭遇到暴雨或强风天气，可能会造成插秧时的泥土被冲刷或倒塌，导致插秧不牢固或被夹断，从而造成缺株现象。此外，如果作业后遭遇到寒潮或高温干旱等极端气候，插秧的生长受到抑制或无法适应，也会导致缺株现象的发生。