申办农机合作社可以向当地农业农村局申请设立登记。农业农村局是负责农业生产、农村发展以及农村基础设施建设的部门，也是管理农业合作经济组织的主管机构。在申请设立农机合作社时，申请人可以向当地农业农村局递交相关材料，包括合作社章程、成员名册、合作资金等，以便进行登记。
申办农机合作社还可以向当地工商行政管理部门申请设立登记。工商行政管理部门是负责管理企业和社会组织登记的机构，也是确保合法经营、规范市场秩序的重要部门。申请人可以向当地工商行政管理部门递交申请材料，包括合作社的名称、组织形式、经营范围、注册资金等信息，以便进行工商登记手续。
申办农机合作社还需要根据当地的具体情况，向其他相关部门进行申请。这些部门可以包括税务局、农村土地管理局、住房和城乡建设部门等，具体的申请材料和程序可能会有所不同。因此，申办农机合作社在进行登记申请时，还需要咨询当地相关部门，了解具体的要求和程序。