沉积的沉渣和水垢会影响发动机的热传导效率。水垢是由水中的钙、镁等离子沉淀而成的，它们会在发动机的热表面上形成一层厚重的绝热层。这将导致发动机的热量无法有效散发，使得发动机的温度升高。高温会使发动机的零件变形、烧蚀，甚至引起发动机故障。
此外，沉积的沉渣和水垢还会对发动机的密封性产生影响。发动机气缸水套的密封性对汽车引擎的正常运行至关重要。如果沉渣和水垢堆积在气缸水套的密封面上，会导致密封不严，使冷却液泄漏，进而引起发动机水压下降、气缸爆震等严重问题。
沉积的沉渣和水垢还会影响发动机的燃烧效率。沉渣和水垢会在气缸中形成障碍物，阻碍燃油和空气的混合，从而影响燃烧的完全性和效率。这将导致燃油无法充分燃烧，产生烟雾和废气排放浓度升高，同时也会增加燃油消耗，降低发动机的功率和燃油经济性。