使用不当是造成耕整机发动机连杆严重变形的主要原因之一。如果使用者在操作耕整机时没有按照正确的方式来使用，如过度使用或者使用时间过长，就会导致发动机连杆承受过大的负荷，从而引起变形。此外，如果在使用过程中没有及时保养和维护，导致零部件磨损严重或者使用寿命过长，也会使连杆严重变形。
质量问题也是引起耕整机发动机连杆变形的一个重要原因。如果耕整机的制造商在制造过程中使用了劣质材料或者工艺不过关，会导致连杆强度不足，容易承受不了发动机的负荷，从而发生变形。另外，如果组装工艺不当，也会导致连杆与其他零部件的连接不紧密，进而引起变形。
此外，经常超负荷工作也是导致耕整机发动机连杆变形的一个原因。如果在使用过程中超负荷工作，例如长时间高速运转或者长时间低速高扭矩工作，会使连杆受到过大的压力，从而容易发生变形。因此，使用者在操作耕整机时应该合理安排工作强度和工作时间，避免长时间超负荷工作。
环境因素也会对耕整机发动机连杆产生影响。如果在使用过程中，环境温度过高或者过低，都会对发动机的工作产生不利影响，导致连杆变形。此外，如果使用者没有及时清理机器周围的杂物，会使机器散热不良，引起连杆变形。