首先是组织制度。农机专业合作社的组织制度主要包括章程、认定、备案和注册等方面。章程是农机专业合作社的基本法规，规定了合作社的性质、目的、范围、权利和义务等。认定是指农机专业合作社根据一定条件和标准，经过申请和审查后，由相关部门认定为农机专业合作社。备案是指农机专业合作社成立后，需要向相关部门备案，说明合作社的基本情况和运营状况。注册是指农机专业合作社在完成认定和备案后，需要进行注册登记，取得法人资格。
其次是运营制度。农机专业合作社的运营制度主要包括规定合作社的经营范围、经营方式和经营管理等。经营范围是指农机专业合作社可以从事的农机服务项目，如农田耕作、病虫害防治、农机维修等。经营方式是指农机专业合作社的经营模式，可以选择自营、合作、承包等方式。经营管理是指农机专业合作社的运营管理机制，包括经营计划、财务管理、人员管理等。
第三是会员制度。农机专业合作社的会员制度是指合作社与农户之间的成员关系，包括加入会员、退出会员和会员权益等方面。加入会员是指农户按照规定的条件和程序，申请加入农机专业合作社。退出会员是指农户根据自身需要或其他原因，申请退出农机专业合作社。会员权益是指农户在合作社成员身份下享有的权益，如优先享受农机服务、参与决策等。
最后是激励制度。农机专业合作社的激励制度是指对合作社成员进行激励和奖励的机制。激励可以通过资金补贴、技术培训、收益分成等方式进行。奖励可以通过表彰先进个人、评选优秀合作社等形式展开。激励制度的建立可以调动合作社成员的积极性，提高合作社的发展水平。