办理跨区作业证可以保障农业机械的安全。在跨区作业时，农业机械需要经过很多道路和地区，如果没有跨区作业证，就无法证明农业机械的安全性和合法性。而办理跨区作业证可以证明农业机械符合安全标准，可以保证农业机械在跨区作业时的安全性。
办理跨区作业证可以避免农业机械的违法行为。如果农业机械没有办理跨区作业证就进行跨区作业，就相当于违法行为。如果被发现，就会受到一定的处罚。而办理跨区作业证可以证明农业机械的合法性，避免违法行为的发生。
办理跨区作业证可以提高农业机械的效率。如果没有跨区作业证，就需要在每个地区都进行一次审批手续，这样会大大浪费时间和精力。而办理跨区作业证可以将所有的审批手续一次性完成，省去了不必要的时间和精力，提高了效率。