联合收割机清选装置的核心部分是风选装置。风选装置通过空气流动原理，借助风力将杂质与谷物分离开来。它由风机、风箱和风道等组成。谷物和杂质通过输送带或振动筛进入风选装置，风机产生强大的气流将轻杂质吹走，而谷物则落入收集箱中。
联合收割机清选装置还包括筛选装置。筛选装置一般由多层筛板组成，筛板上有不同孔径的筛孔。谷物和杂质通过筛板的筛孔进行分离。较大的杂质无法通过筛孔而被拦截，而谷物则通过筛孔落入收集箱中。筛选装置的筛孔大小可以根据谷物的种类和要求进行调整。
此外，联合收割机清选装置还包括清选辊。清选辊一般由橡胶制成，其表面覆盖有细小的凸起。谷物通过清选辊时，杂质会被清选辊的凸起挤压和摩擦，从而与谷物分离。清选辊的转速和角度可以根据谷物的类型和含杂量进行调节，以达到最佳的分离效果。
联合收割机清选装置可能还包括挑选装置和喷淋装置等。挑选装置用于手动清理筛选装置或风选装置中残留的杂质，喷淋装置用于在清选过程中对谷物进行湿润处理，以提高分离效果。