联合收割机在收割作物时会将作物整株割下，并通过刀片将作物切断成一段一段的秸秆。接着，这些秸秆会被输送机传送到脱粒室。在脱粒室内，脱粒器会通过高速旋转和冲击的方式，将秸秆和籽粒进行分离。由于脱粒器的旋转力将籽粒从秸秆中抛离出来，籽粒会直接从脱粒室的底部排出，而秸秆则会被送到后方的秸秆箱内。
为了更加高效地分离秸秆和籽粒，一些先进的联合收割机还配备了清选系统。清选系统主要包括风机和振动筛等设备。在秸秆和籽粒经过脱粒室后，它们会通过风机的吹拂和振动筛的筛选，从而进一步分离。风机会根据秸秆和籽粒的不同重量，将秸秆吹飞到秸秆箱内，而将籽粒吹送到籽粒箱中。振动筛则会进一步筛选出杂质和未脱粒的籽粒，确保收获的粮食质量。
另外，农民在使用联合收割机时，还需注意调节机器的工作状态和操作技巧，以获得更好的分离效果。首先，调节刀片的高度和切割速度，以确保作物能够被割得干净整齐，减少秸秆和籽粒的混合。其次，合理调节脱粒室内脱粒器的旋转速度和冲击力，以适应不同作物的收割需求。最后，在收割过程中，农民还需经常检查和清理机器内部，避免秸秆和籽粒堵塞导致分离效果下降。