农机深翻作业可以更深入地翻耕土壤。通过使用农机进行深翻，可以将土壤底层的肥力更好地暴露在表层，增加土壤的肥力。而旋耕作业只是在土壤表层进行翻耕，无法达到深层次的效果。这使得农机深翻作业对于土壤改良和提高农作物产量更具有优势。
农机深翻作业可以更好地改善土壤结构。通过深翻操作，农机能够将土壤底层的团聚体打碎，疏松土壤，改善土壤的通气性和水分渗透性。而旋耕作业只是在土壤表层进行翻耕，对于土壤结构的改善效果有限。因此，农机深翻作业在改良土壤结构、增加土壤肥力上更具优势。
此外，农机深翻作业还可以有效地消除土壤中的杂草和病虫害。由于深翻作业可以将土壤底层的杂草根系和虫害暴露在表层，有利于采取相应的措施进行防治。而旋耕作业只是在土壤表层进行翻耕，无法有效地清除深层的杂草和虫害。这使得农机深翻作业在减少农药使用、减轻病虫害对农作物的危害方面更具有优势。