水冷柴油机的冷却效果更好。水冷系统通过循环水来吸收和散发热量，可以有效地降低发动机的温度。相比之下，风冷系统则是通过风扇将冷空气吹入发动机进行冷却。水冷系统的冷却效果更为迅速和均匀，可以有效地保持发动机处于适宜的工作温度范围。
水冷柴油机在噪音和振动方面表现更好。由于水冷系统的运转过程中，水可以吸收和减少发动机的噪音和振动，因此水冷柴油机的噪音和振动相对较低。而风冷柴油机在高速运转时会产生较大的噪音和振动，这在一定程度上会影响乘坐舒适度。
此外，水冷柴油机的散热性能更强。由于水冷系统可以通过散热器将热量有效地排出发动机，因此水冷柴油机在长时间高负荷工作的情况下，能够更好地保持发动机的稳定性和性能。而风冷柴油机的散热性能相对较弱，长时间高温工作容易导致发动机过热，从而影响其性能和寿命。
水冷柴油机的维护成本相对较高。水冷系统相对复杂，需要经常检查和更换冷却液，以确保其正常运转和冷却效果。而风冷系统相对简单，维护成本较低，只需要定期清洗风扇和散热器即可。