农机化可能导致农艺被忽视。农艺是农业生产的基础，涉及土壤养分管理、病虫害防治等诸多方面。过度依赖农机可能导致农民对农艺的关注度下降，只注重机械化操作，而忽略了农田的综合管理。这可能会导致土壤质量下降，病虫害的爆发等问题。
农机化可能增加环境污染。农机作业会产生噪音、尾气等污染物，对周围生态环境造成不利影响。尤其是在大规模农机使用的情况下，噪音和尾气排放会对农田周围的生态系统产生长期的负面影响，对农作物的生长和动物的生存繁衍造成影响。
此外，农机化也可能导致农民就业问题。农机的大规模使用会减少农田的劳动需求，降低了对农民的劳动力需求。这可能导致农民失去原有的农业劳动岗位，造成就业问题。特别是对于一些农村地区已经存在大量农民外出务工的情况下，农机化可能会进一步加剧农村人口流失和农村经济的不稳定。
农机的高成本也是一个不利因素。农机的购买、维修和保养等成本都相对较高，对于一些农民来说可能难以承担。特别是在农业生产效益不稳定的情况下，投资农机可能面临一定的风险，可能会对农民的经济负担造成一定的压力。