农业部门是负责联合收割机跨区作业的主要管理机构之一。农业部门负责制定相关政策和规定，包括联合收割机跨区作业的许可要求、作业标准和安全规范等。农业部门还负责对跨区作业进行监管和评估，确保作业的合法性和安全性。
农机管理部门在联合收割机跨区作业中也扮演着重要角色。农机管理部门负责对联合收割机进行登记备案和审批，确保其符合国家的农机标准和要求。此外，农机管理部门还负责对跨区作业的农机进行技术培训和维修保养，确保作业的正常进行。
地方政府也是联合收割机跨区作业的管理部门之一。地方政府负责组织和协调农业部门、农机管理部门以及其他相关部门的合作，确保联合收割机跨区作业的顺利进行。地方政府还负责对作业现场进行安全检查和风险评估，确保作业的安全性。同时，地方政府还负责对作业过程中的问题和纠纷进行调解和解决。
农民合作社和农业专业合作社也参与到联合收割机跨区作业的组织管理中。农民合作社和农业专业合作社负责组织农民参与跨区作业，包括协调作业人员、组织作业计划和管理作业流程等。此外，农民合作社和农业专业合作社还负责与相关部门进行沟通和协商，解决作业过程中的问题和困难。