农业机械化水平不均衡是一个突出的问题。在一些发达地区，农业机械化水平相对较高，大部分农业生产环节实现了机械化，如种植、收割和加工等。而在一些欠发达地区，农业机械化水平较低，农民依然依赖传统的人工劳动，效率低下。
农业机械化设备更新速度较慢。由于农民普遍经济状况相对较差，大部分农民无力购买新的农业机械化设备，导致设备老化，效率低下。
农业机械化技术水平有待提高。目前，我国农业机械化技术主要依赖进口，国内自主研发的农机产品相对较少。农机产品的技术含量较低，无法满足农业生产的需求，限制了农业机械化水平的提高。
此外，农业机械化对环境的影响也需要引起关注。农业机械化过程中，部分农民在追求高产量的同时，滥用农药和化肥，导致环境污染和土壤质量下降。农业机械化应该与环境保护相结合，注重可持续发展。
农业机械化与农民技能培训的不足也是一个问题。农民对农业机械操作和维护的技能相对较低，无法充分发挥机械化设备的效能。因此，应加强农民的技能培训，提高他们对农业机械化的认识和操作能力。