机械故障是造成联合收割机复脱器堵塞的主要原因之一。例如，复脱器中的传动皮带松紧不合适，会导致机械运转不稳定，进而发生堵塞现象。同时，复脱器中的清选装置如果损坏或失灵，也会导致秸秆、杂草等杂质进入复脱器内部，造成堵塞。
作物属性也是造成复脱器堵塞的重要原因之一。不同作物的茎秸、叶片硬度、密度等特性不同，进而影响了复脱器的工作效果。例如，玉米茎秸较硬，容易导致复脱器堵塞；而稻谷茎秸柔软，相对不易堵塞。因此，作物属性对复脱器的堵塞情况具有一定的影响。
同时，操作不当也是导致复脱器堵塞的原因之一。操作人员在使用联合收割机时，如果不根据作物属性和环境条件及时调整机器的参数，就容易造成复脱器堵塞。例如，收割速度过快，复脱器无法及时处理作物，导致堵塞；或者清选装置调整不当，无法有效清除杂质，也会导致堵塞。
环境条件也会对复脱器的堵塞情况产生影响。例如，高湿度的环境会使作物茎秸变软，容易导致堵塞；而干燥的环境则会使作物茎秸变硬，增加了复脱器的堵塞风险。此外，作物与土壤的含水量、杂草的密度等环境因素也会影响复脱器的堵塞情况。