农机专业合作社的组织形式和运作机制亟待完善。目前，一些农机专业合作社的组织形式较为单一，主要集中在机械设备的共享和管理上，缺乏对农业生产全过程的综合规划和服务。合作社的运作机制也存在问题，如决策权集中、农民参与度不高等。
农机专业合作社缺乏有效的市场运作和经营管理。一些合作社由于缺乏市场导向和专业管理人才，面临着产品销售困难和经营不善的问题。此外，由于农机专业合作社的规模相对较小，难以与大型农业企业进行有效竞争，导致了合作社的发展受限。
另外，农机专业合作社在农民参与和管理上存在一定的问题。一方面，一些农民对合作社的意识和认知程度不高，缺乏参与的积极性。另一方面，合作社的组织和管理能力有待提升，缺乏有效的培训和指导，导致农民无法充分发挥自身的主体作用。
此外，农机专业合作社的融资渠道和资金支持面临一定的困难。由于合作社的规模相对较小，银行和其他金融机构对其融资需求存在较高的风险认知，导致资金的获得存在一定的困难。因此，建设农机专业合作社需要加大对融资渠道的拓展和资金支持的力度。