使用环境是导致拖拉机变速箱齿轮损坏的一个重要原因。拖拉机通常在恶劣的工作环境下使用，如泥泞的地面、坎坷的山路等。这些恶劣的环境会导致拖拉机变速箱齿轮受到较大的冲击和振动，从而加速齿轮的磨损和损坏。
不合理的使用和维护也会导致拖拉机变速箱齿轮损坏。如在变速换挡时不按照正确的顺序和方法进行操作，或者长时间使用高速档位进行工作，都会给齿轮带来过大的负荷，导致齿轮损坏。此外，拖拉机变速箱的润滑油也十分重要，如果长时间不更换或者使用不合适的润滑油，会导致齿轮磨损加剧，最终导致齿轮损坏。
设计和制造缺陷也可能导致拖拉机变速箱齿轮损坏。有些拖拉机变速箱的齿轮在设计和制造过程中存在一些缺陷，如齿轮强度不足、齿轮配合间隙不合适等问题，这些都会使齿轮在工作中容易受损。
长期磨损和老化也是导致拖拉机变速箱齿轮损坏的原因之一。随着使用时间的增加，拖拉机变速箱齿轮会因摩擦和磨损而逐渐失去原有的精度和质量，从而容易发生故障。