农机管理部门依法行政的基础是国家的法律法规。我国有关农机管理的法律法规主要包括《中华人民共和国农村土地承包法》、《中华人民共和国农机具管理条例》等。这些法律法规规定了农机管理部门的职责、权力和程序，为其依法行政提供了明确的法律依据。
农机管理部门依法行政还需要遵循相关的规章和文件。规章是由国务院或者农机管理部门制定的具有具体操作性的行政法规，例如《农机具行政许可实施办法》等。文件包括国务院、农机管理部门发布的各种规范性文件，例如《关于加强农机管理工作的通知》等。这些规章和文件对农机管理部门的行政行为进行了进一步的细化和规范，明确了具体的操作程序和要求。
农机管理部门还需要根据具体情况制定和实施相应的工作计划和方案。这些工作计划和方案是根据上级决策部署和实际工作需要制定的，旨在指导农机管理部门的具体工作。这些计划和方案的制定需要依据国家的中长期发展规划、政策和法律法规，确保农机管理部门的行政行为符合国家的整体发展目标和要求。