操作不当是造成清选损失的主要原因之一。联合收割机的操作需要经验丰富的农民或机手进行，对于新手来说，可能会因为操作不熟练而造成清选损失。例如，收割机的速度过快或过慢，都会导致清选不彻底或漏割现象，从而造成损失。
联合收割机本身的质量和性能也是造成清选损失的原因之一。如果收割机的清选装置设计不合理，清选效果不佳，或者清选装置损坏或磨损严重，都会导致清选不彻底，从而造成损失。此外，如果收割机的刀具磨损严重，割刀不锋利，也会影响清选效果，增加清选损失。
作物本身的品质和状况也会影响清选损失的程度。如果作物过于疏松或者叶片过多，会增加清选的难度，导致清选不彻底。此外，作物的含水量过高或过低，也会影响清选效果。过高的含水量会增加作物的重量，导致更多的作物被清选掉，而过低的含水量则会增加作物脆性，导致更多的碎屑产生。
环境因素也会对清选损失产生影响。例如，土壤潮湿或者地块有积水，会导致收割机的清选装置堵塞或者作物难以清选干净。此外，风力较大或者秸秆较长等因素也会影响清选效果，增加损失的可能性。