根据《中华人民共和国行政处罚法》，农机行政处罚案件的处理时限一般为三个月。这意味着，自接到案件之日起，农机管理部门必须在三个月内完成对案件的调查、取证、听证等程序，并做出处罚决定。如果需要延长处理时限，农机管理部门必须经过合法程序，并向当事人作出书面说明。
根据《中华人民共和国农村车辆条例》，对于农机危险驾驶、违反道路交通安全法规等严重违法行为的农机经营者或使用者，农机管理部门有权采取紧急措施，并在五个工作日内完成案件的初步调查。在初步调查的基础上，农机管理部门必须在一个月内作出处罚决定。对于其他一般违法行为，农机管理部门有权在一个月内作出处罚决定。
此外，根据《中华人民共和国农业机械安全技术标准规定》等相关规定，农机管理部门还对农机行政处罚案件的处理时限进行了细化规定。对于涉及农机安全问题的违法行为，农机管理部门必须在五个工作日内作出处罚决定。而对于其他一般违法行为，农机管理部门则有权在一个月内作出处罚决定。