农机具在水田保护性耕作中的作用非常重要。农机具能够提高工作效率，降低人力成本，为农民减轻劳动强度。合理选择农机具能够更好地适应水田的特点，并提高作业效果。例如，水稻轮作中，选择合适的耕整机，能够更好地保护水稻根系，提高水稻的生长速度和产量；选择适当的收割机，能够减少稻谷的碰伤和损失，提高收割效率。
配备多样化的农机具能够满足水田保护性耕作的多样需求。水田保护性耕作强调不翻耕和少翻耕，要求农机具能够进行精细作业。例如，选择具备微耕功能的旋耕机和免耕播种机，能够快速、精确地完成耕整和播种工作；选择具备精准喷洒功能的喷雾机，能够减少农药的用量和环境污染。
此外，配套农机具还应考虑农田的规模和农民经济承受能力。对于小规模水田，可以选择小型农机具，如手扶拖拉机和微耕机，既能满足作业需求，又能减少投资成本。对于大规模水田，可以选择大型农机具，如大型联合收割机和喷洒机，提高作业效率，减少劳动力需求。