离合器调整不当可能是导致离合器分离不彻底的主要原因之一。拖拉机的离合器调整应保证离合器片与飞轮之间的接触面积均匀，同时离合器踏板行程和自由行程也需要进行合理的调整。如果调整不当，离合器片与飞轮之间的间隙会变得过大或过小，从而导致离合器分离不彻底。
离合器系统的液压传动部分出现故障也可能是导致离合器分离不彻底的原因之一。拖拉机离合器系统通常由离合器片、压盘、离合器液压缸、离合器泵等组成。如果液压传动部分存在漏油、缺油、压力不足等问题，就会导致离合器片无法完全分离。
离合器片磨损严重也可能导致离合器分离不彻底。离合器片磨损过度会导致离合器片与飞轮之间的接触面积减小，从而无法实现完全分离。此外，离合器片表面的摩擦片已经磨损平整，也会导致离合器分离不彻底。
离合器片和飞轮之间存在异物或污垢也可能是导致离合器分离不彻底的原因之一。如果有异物或污垢附着在离合器片或飞轮上，会导致接触面积减小，从而影响离合器的分离效果。