四冲程柴油发动机是目前应用最广泛的柴油发动机类型之一。它的工作原理是通过四个行程完成一个循环：进气、压缩、燃烧和排气。首先，活塞下行时，进气门打开，燃料喷入气缸内，与高温空气混合。然后，进气门关闭，活塞向上行驶，将燃料气体压缩，使其达到点火温度。接下来，喷油器喷出的燃油在高压下点燃，产生爆发力推动活塞向下行驶。最后，活塞再次上升，排气门打开，将燃烧后的废气排出气缸。
相比之下，两冲程柴油发动机的工作原理相对简单。它只有两个行程：进气和压缩与燃烧、排气。在这种发动机中，燃油和空气混合在缸体内，随后活塞上升，将混合气体压缩。与此同时，喷油器喷出的燃油在高压下点燃，产生爆发力推动活塞向下行驶。在活塞下行时，排气门打开，将燃烧后的废气排出。随后，活塞上升再次进行进气和压缩，循环往复。
虽然四冲程柴油发动机在工作原理上更复杂一些，但它具有较高的燃烧效率和较低的排放水平。它广泛应用于汽车、船舶、发电机等领域。而两冲程柴油发动机则相对简单，结构紧凑。它主要应用于小型机械设备，如摩托车、链锯等。