精量播种机滑刀式开沟器的一大缺陷是容易造成土壤压实。在开沟的过程中，滑刀式开沟器会对土壤施加较大的压力，导致土壤密度增大，空气和水分无法很好地渗透进去，从而影响种子的生长和发育。这种土壤压实现象尤其在干燥地区较为明显，严重影响了作物的产量。
精量播种机滑刀式开沟器容易造成土壤流失。由于开沟机的设计缺陷或操作不当，容易导致土壤在开沟的过程中被翻转和移动，从而加剧水土流失问题。特别是在坡地上的使用，更容易引发水土流失的风险，对环境造成严重的影响。
除此之外，精量播种机滑刀式开沟器还存在着播种深度不稳定的问题。由于操作人员的经验和技术水平不同，很难保证每一行开沟的深度均匀一致。这样就会导致播种的种子深度不一，从而对作物的生长和发育产生不利影响。尤其是对于一些对播种深度要求较高的作物来说，这种缺陷将更加明显。