农业机械发生事故后应由农业机械管理部门来处理。农业机械管理部门负责对农业机械的注册登记、检验验收和监督管理等工作。一旦发生农业机械事故，农业机械管理部门应迅速组织人员前往现场进行调查，并评估事故的影响和损失。同时，农业机械管理部门还应对事故原因进行分析，并提出相应的整改措施，以防止类似事故再次发生。
农业机械发生事故后还应由农业部门进行相关的处理工作。农业部门负责制定和实施农业政策，促进农业的发展和提高农民的生产能力。在农业机械事故发生后，农业部门应积极配合农业机械管理部门，加强事故的调查和处理，并及时向相关单位和农民提供必要的援助和支持。
此外，农业机械事故的处理还需要依托农业科技部门。农业科技部门致力于研发和推广农业技术，提高农业生产的科技含量和效益。在农业机械事故发生后，农业科技部门应加强对农民的培训和指导，提高农民的安全意识和技术水平，从而减少农业机械事故的发生。