水垢沉积会导致散热器和水泵堵塞，使冷却系统流量减小，进而导致发动机温度过高。这会让发动机的机油和冷却水失去润滑和冷却效果，从而加速发动机磨损。长期以往，会导致发动机严重损坏。
水垢沉积还会影响发动机的燃油经济性。由于冷却系统中的水垢会影响散热器的散热效率，因此发动机的温度会升高，这会使发动机的燃油消耗量增加。此外，由于水垢会影响冷却系统的流动性，从而使发动机的冷却效率下降，这也会使发动机的燃油经济性降低。
水垢沉积还会对车辆的环保性产生不利影响。由于发动机的燃油经济性下降，将导致废气排放的增加，从而使车辆排放的有害气体超标，对环境造成污染。