农业部门应当起到主导作用。农业部门了解农业机械的特点和使用情况，对农业机械的安全标准和操作规程有较为全面的了解。因此，在农业机械生产作业安全事故发生后，农业部门应当及时调查事故原因，并采取措施避免类似事故再次发生。此外，农业部门还应当加强对农业机械生产作业的监管和指导，提高农业工人的安全意识和技能水平。
劳动部门也应当参与事故的处理。劳动部门负责监督和管理劳动力的安全和健康，对农业工人的职业安全和健康负有责任。在农业机械生产作业安全事故发生后，劳动部门应当调查农业工人的劳动条件和工作环境，以确定是否存在违法违规行为，对违法违规行为进行处罚，并提供相关的劳动保护和福利政策，保障农业工人的权益。
此外，公安部门也需要参与农业机械生产作业安全事故的处理。公安部门负责处理刑事案件和治安事件，对于故意破坏农业机械或者造成人员伤亡的事故，公安部门应当展开调查，追究责任，并依法进行处罚。公安部门的介入可以增加事故的处理力度，起到警示作用，预防类似的事件再次发生。