机械故障是导致手扶拖拉机乱档的一个重要原因。手扶拖拉机的传动系统包括离合器、变速器和转向系统等，如果其中任何一个部件出现故障，都有可能造成乱档现象。比如，离合器片磨损、压盘弹簧松弛、变速器齿轮磨损等都会导致离合器和变速器之间的传动不畅，进而造成乱档。此外，手扶拖拉机的油路系统如果堵塞或漏油也会影响到换档的正常操作，进而出现乱档的情况。
操作错误也是手扶拖拉机乱档的常见原因之一。许多用户在使用手扶拖拉机时，缺乏正确的操作技巧和经验，容易犯一些低级错误。比如，在换挡时不松油门，或者在离合器未完全松开的情况下进行档位切换，都会导致乱档发生。此外，手扶拖拉机的操作杆和换档杆如果调节不当，也会使得档位切换不准确，从而引发乱档。
环境因素也会对手扶拖拉机的换挡操作产生影响。比如，道路坡度过大、路面湿滑、载荷过重等情况，都会增加手扶拖拉机在换档时的阻力，使得换档动作变得困难，容易出现乱档现象。同时，在作业过程中，如果手扶拖拉机在不平稳的地形上行驶，也会影响到离合器与变速器的正常配合，导致乱档的发生。