此病主要以菌核在土壤越冬，翌年7~8月间萌发形成孢子座，孢子座上产生多个子囊壳，其内产生大量子囊孢子和分生孢子;也可以厚垣孢子附在种子上越冬，条件时宜时萌发形成分生孢子。孢子借助气流传播散落，在水稻破口期侵害花器和幼器，造成谷粒发病。病菌侵染始于花粉母细胞减数分裂期之后和花粉母细胞充实期，而花粉母细胞充实期前后这段时间是侵染的重要时期。
稻曲病又叫火烟苞，孕穗未期和齐穗期分别用井岗霉素或纹枯宁兑水喷雾防治一次。
水稻抽穗扬花期遇雨及低温则发病重。抽穗早的品种发病较轻。施氮过量或穗肥过重加重病害发生。连作地块发病重。糯稻发病重。