土传病害根腐病和孢囊线虫危害：重茬和迎茬导致土壤中病原物数量迅速积累，引发严重根部病害，幼苗期根系腐烂，下扎受阻，茎、叶生长缓慢或停滞。在严重发病地块，这些病原物可存活8～10年以上，即使相隔3～5年再种大豆仍可能发生严重病害，降低产量。
根系分泌物积累：重茬和迎茬导致土壤中大豆根系分泌物积累，产生“自毒”作用，严重抑制大豆根系和地上部生长。
土壤养分的偏耗：重茬大豆使土壤中磷、钾养分过度消耗，锌、硼、钼等微量元素减少，影响大豆生长发育。
土壤理化性状恶化：重茬和迎茬导致土壤容重增加，透气性下降，根系下扎浅。同时，以大豆为寄生传染的细菌性斑点病、孢囊线虫病及菌核病等越冬基数较高，获得继续发病的环境和条件，危害越来越重。