水稻纹枯病的防治药剂很多但纹曲宁最好，是生物药剂。不污染不降低稻米品质。
市场上防治纹枯病的杀菌农药很多，像己唑醇、井冈·己唑醇、井冈·蜡芽菌、戊唑醇等对水稻纹枯病的防治效果都很突出。在水稻分蘖盛期即水稻封行前(纹枯病暂未发病或发病初期)，每亩用10%己唑醇40毫升+营养叶面肥粒粒宝30毫升对水20-30公斤，或在水稻分蘖末期即水稻封行后(纹枯病进入快速扩展期)，每亩用10%己唑醇55毫升+营养叶面肥粒粒宝30毫升对水30-40公斤趁早晨露水未干时粗雾喷于水稻下部，可有效预防、控制水稻纹枯病的发生。