影响根瘤形成及固氮功能的因素很多，主要因素有大豆品种、矿质元素、水分含量、氮、光照、PH值和温度等。土壤施氮肥过多影响根瘤形成及固氮，施磷肥可增加固氮量，缺钼、铁、钴等微量元素影响固氮。土壤水分过多过少对根瘤固氮都不利。适宜的氧气，充足的光照有利于固氮。中性及微碱性土壤，PH值在6.8～8.8范围内利于根瘤菌的生长及固氮。
大豆根瘤菌是一种活的微生物制剂根瘤内的根瘤菌与豆科植物互利共生：豆科植物通过光合作用制造的有机物，一部分供给根瘤菌；根瘤菌通过生物固氮制造的氨，则供给豆科植物。
种植大豆多年的地块仍要施用根瘤菌肥。种植大豆多年的地块中,田间土壤中会存在相当数量的根瘤菌,一般每克土含根瘤菌104～105个,但多数是低效或是无效根瘤菌株。