(1)严格选用无病菌新土配营养土育苗。(2)苗床土壤处理可用40%亚氯硝基苯和41%聚砹·嘧霉胺混用，比例1∶1，或用38%恶霜嘧铜菌酯，每亩用量25ml-50ml，均匀喷施于苗床。(3)实行轮作。与禾本科作物轮作可减轻发病。(4)秋耕冬灌，瓜田秋季深翻25～30厘米，将表土病菌和病残体翻入土壤深层腐烂分解。(5)土地平整，适期播种。一般以5厘米地温稳定在12～15℃时开始播种为宜。(6)加强田间管理。出苗后及时剔除病苗。雨后应中耕破除板结，以提高地温，使土质松疏通气，增强瓜苗抗病力。
1、采用无菌土营养袋育苗方法，减少病感染。2、没有条件用无菌土营养袋育苗的，苗圃应选择在土质疏松、地势高、排灌方便的地块，并避免连作或前作是蔬菜、豆类的地块。精细整地，用5406菌肥拌种，播种不宜过密，覆土最好用河沙或无菌的底土。3、改在秋季播种，以避开发病高峰季节。
柑橘立枯病发病原因与高温、多湿等因素有关。因此要防治柑橘立枯病，应科学育苗，并在土质疏松等条件的环境下育苗。栽植前做好土壤消毒，发病时使用代森铵可湿性粉剂或可杀得可湿性粉剂进行喷施防治。