马铃薯退化的原因有内因和外因两个方面。其内因主要是品种生理特性决定的，因为任何品种在遗传过程中，都会发生不同程度的变异，不变的植物是没有的。外因方面有气候条件不良，栽培技术不当（主要是肥水管理，栽培技术〉以及病虫危害。内因和外因综合矛盾，便使马铃薯发生退化。
马铃薯退化是植株在生长过程中，感染了病毒。因病毒的侵入破坏了马铃薯植株的正常生理功能，致使有的植株生长势衰退，株型变矮，叶面皱缩，叶片出现黄绿相间的嵌斑，甚至叶脉坏死，复叶脱落等，由于制造养分的器官被病毒干扰和破坏，植株生长失常，造成大幅度减产。