水稻恶苗病的发病原因比较复杂，与品种、气候、栽培管理等有关系。
水稻恶苗病最主要的初侵染源是带菌种子，其次是病稻草。种子萌发后，病菌就从秧苗的芽鞘、根和根冠或伤口侵入，植株伤口有利于病菌侵入，会引起秧苗发病徒长。
(1)建立无病留种田，选栽抗病品种，避免种植感病品种。(2)加强栽培管理，催芽不宜过长，拔秧要尽可能避免损根。做到“五不插”:即不插隔夜秧，不插老龄秧，不插深泥秧，不插烈日秧，不插冷。水浸的秧。(3)清除病残体，及时拔除病株并销毀，病稻草收获后作燃料或沤制堆肥。(4)种子处理。用1％石灰水澄清液浸种，15～20°时浸3天，25°浸2天，水层要高出种子10～15cm，避免直射光。