病菌主要以菌核在土壤中越冬，翌年春灌时漂浮于水面，插秧后菌核粘附于稻株近水面的叶鞘上，条件适宜时生出菌丝侵入叶鞘组织危害，气生菌丝又侵染邻近植株。
稻纹枯病病原菌主要是立枯丝核菌，在常规条件下对其进行观察，菌丝初时无色，成熟时出现淡褐色的菌核。病菌菌核的实际抗逆性较强，在各类恶劣环境中都能生存，是水稻纹枯病大面积传播的首要诱导病菌。此外，在高温、高湿条件下，水稻纹枯病也非常容易发生。当水稻种植区域田间温度不断升高之后（大约在20℃，湿度在80%时），纹枯病开始逐步发生与散播。种植区域田间温度大于25℃、相对湿度大于90%时，病害传播速度会不断加快。水稻种植田块中长期积水，湿度较大，为纹枯病大面积发生和传播提供了基本条件。