水稻黑条矮缩病的发生流行与灰飞虱种群数量消长及携毒传播相对应。晚稻收获后，灰飞虱成虫转入田边杂草和冬播大小麦危害与越冬，越冬代成虫高峰为3月上中旬，一代成虫高峰在5月上中旬，迁入早稻秧田和本田传毒侵染；6月下旬至7月为二代成虫高峰期，迁入连晚秧田和单季晚稻本田传毒侵染；8～9月受高温影响，灰飞虱种群数量下降，相对传毒扩散减少；10～11月气温适宜，种群数量上升，随晚稻收获而迁入越冬场所活动。
水稻黑条矮缩病毒为害禾本科的水稻、大麦、小麦、玉米、高粱、粟、稗草、看麦娘和狗尾草等20多种寄主。该病毒只靠灰飞虱、白背飞虱、白带飞虱等传染，其中主要以灰飞虱传毒为主。介体一经染毒，终身带毒，但不经卵传毒。病毒主要在大麦、小麦病株上越冬，有部分也在灰飞虱体内越冬。第一代灰飞虱在病麦上接毒后传到早稻、单季稻、晚稻和青玉米上传毒。稻田中繁殖的2、3代灰飞虱，在水稻病株上吸毒后，迁入晚稻和秋玉米传毒，晚稻上繁殖的灰飞虱成虫和越冬代若虫又进行传毒，传给大麦、小麦。由于灰飞虱不能在玉米上繁殖，故玉米对该病毒再侵染作用不大。田间病毒通过麦-早稻-晚稻的途径完成侵染循环。
