选用抗病品种做好品种的合理布局，这是防治小麦锈病的根本措施。科学搭配和合理布局，可以切断锈病的周年循环，抑制新的优势生理小种产生、积累和扩展，延缓品种抗性退化，延长抗性品种使用年限。近年来适宜西昌种植的抗病品种有昌麦系列品种（如：昌麦26、昌麦28）和西幅系列品种（如：西幅12、西幅13、西幅14）等等。
小麦锈病用内吸性杀菌在发生初期喷雾，如粉锈宁。
使用药物进行防治，通常是使用12.5%的利果利可湿性粉剂、25%的丙环唑乳油与20%的粉锈宁按照一定15:4:30的比例对水混合，然后进行田间药物喷施，这将大幅强化对锈病的防治效果，促进小麦优质高产。而在麦苗出现锈病症状后，则应当及时利用药物进行喷洒；而且在病叶率超过1%则应当对所有小麦植株进行药物治疗，以免锈病在一定条件下快速传播。
1.小麦收获后及时翻耕灭茬，消灭自生麦苗并减少越夏菌源。2.搞好大区抗病品种合理布局，切断菌源传播路线。3.因地制宜种植抗病品种，这是防治小麦锈病的基本措施。
选用抗病品种，药剂拌种或种子包衣，加强监测，带药侦查，发现一点，防治一片。