小麦赤霉病在小麦齐穗期时应喷施杀菌剂进行预防。在出现病情后，可以使用三唑酮、福美双、井冈霉素、氟环唑等药剂进行喷雾防治，并同时加强田间管理，提高植株抗病力。
小麦一喷三防，赤霉病用咪鲜胺、戊唑醇等农药。
选用对赤霉病防效好且对毒素抑制作用强的药剂，以减轻病害发生程度，降低毒素含量。主要药剂有：丙硫菌唑、丙唑·戊唑醇、丙硫·戊唑醇、氰烯·戊唑醇、戊唑·福美双、唑醚·戊唑醇等。足量用药，足量用水，对准穗部均匀喷雾。之后视天气情况，若遇连阴雨天或早晚有雾露，则隔3—5天，再第2次施药。同时，还可结合防治小麦穗蚜及叶面追肥一并进行。