辣椒根腐病属腐皮镰孢霉，属半知菌亚门真菌。以菌丝体和厚垣孢子在发病组织或遗落土中的病残体上越冬，病菌的厚垣孢子可在土中存活5—6年甚至更长。
传播辣椒病毒病的蓟马有茶黄蓟马和棕榈蓟马。烟草花叶病毒靠接触及伤口传播，通过整枝打杈等农事操作传染。此外，定植晚、连作地、低洼及缺肥地易引起该病流行。
辣椒根腐病传播途径随其毒源种类不同而异，但主要可分为虫传和接触传染两大类。
辣椒根腐病是真菌病害防治用真菌绝杀效果很好。
病菌以厚垣孢子、菌核或菌丝体在土壤中越冬，成为翌年主要初侵染源，病菌从根茎部或根部伤口侵入，通过雨水或灌溉水进行传播和蔓延。
其传播途径随其毒源种类不同而异，但主要可分为虫传和接触传染两大类。可借虫传的病毒主要有黄瓜花叶病毒、马铃薯Y病毒及苜蓿花叶病毒，其发生与螃虫和蓟马的发生情况关系密切，特别遇高温干旱天气，不仅可促进蚜虫传毒，还会降低寄主的抗病性。传播辣椒病毒病的蓟马有茶黄蓟马和棕榈蓟马。烟草花叶病毒靠接触及伤口传播，通过整枝打杈等农事操作传染。