种子消毒；合理整枝，及时排水，创造干燥和通风透光的环境；发病初期选喷多菌灵、恶霜·锰锌、甲基硫菌灵、代森锰锌、异菌脲等药剂，也可用复配药粉（甲基硫菌灵∶恶霜·锰锌∶农用链霉素＝1∶1∶1）加水调成糊状，涂于病株茎部。
防治措施①选用无病种子，或用福尔马林100倍液浸种15分钟消毒。②轮作倒茬，与非瓜类作物实行2～3年轮作。③加强栽培管理。施足底肥，增施磷钾肥，科学用水，密度合理，并及时压瓜、整枝、打杈，防止疯长，及时拔除病株销毁。④发病初期用75%百菌清可湿性粉剂600倍液，或70%甲基硫菌灵可湿性粉剂600倍液，或69%安克锰锌500倍液，47%加瑞农可湿性粉剂600倍液喷洒叶面防治，每5～7天喷1次，视病情变化喷2～3次；或用1∶50倍托布津或敌克松液或托布津液加杀毒矾药液涂抹病部。
甜瓜蔓枯病，蔓上茎结部病斑椭圆形至梭形，灰白色病斑上密生黑色小点是病菌分生孢子，有时可溢出琥珀状胶状物，后期干缩纵裂乱麻状，形成烂蔓，可以用溴菌腈或咪鲜胺锰盐或肟菌酯.戊唑醇或吡唑醚菌酯加春雷霉素或乙蒜素喷淋防治。也可以用辛菌胺醋酸盐或咪鲜胺锰盐加噻苯隆调成浆糊状涂抹裂口处，也有好的效果。