水稻胡麻叶斑病的病菌靠带菌种子播种后直接侵染幼苗发病，然后随风雨进行传播蔓延为害。
病菌以菌丝体在病残体或附在种子上越冬，成为翌年初侵染源。病斑上的分生孢子在干燥条件下可存活2～3年，潜伏菌丝体能存活3～4年，菌丝翻入土中经一个冬季后失去活力。带病种子播后，潜伏菌丝体可直接侵害幼苗，分生孢子可借风吹到秧田或本田，萌发菌丝直接穿透侵入或从气孔侵入，条件适宜时很快出现病症，并形成分生孢子，借风雨传播进行再侵染。
水稻胡麻斑病病菌以分生孢子(病原物的一部分)附着种子和病草上，或者以菌丝的形式潜伏在病稻草组织中(残留的稻茬)越冬。第二年，越冬成功的病菌就会产生分生孢子随空气气流传播引起初侵染，然后随着温度湿度适合，在进行再侵染，经过多次侵染，就可导致水稻发病。
带病种子播后，潜伏菌丝体可直接侵害幼苗，分生孢子则借助气流传播至水稻植株上，从表皮直接侵入或从气孔侵入。条件适宜时很快出现病症，并形成分生孢子，借助风雨传播进行再侵染。