发现病株要及时摘除，并撒石灰或淋灌病穴。在西葫芦软腐病发病初期喷70%绿得保悬浮剂300倍液，或50%琥胶肥酸铜可湿性粉剂500倍液，或47%加瑞龙可湿性粉剂800倍液。棚室栽培，每公顷喷撒5%防细菌粉尘15千克，隔7～10天喷1次，连续2～3次。及时防除地下害虫和黄守瓜等害虫，尽量减少伤口。采收前3～5天停止用药。
发病初期喷70%绿得保悬浮剂300倍液或50%琥胶肥酸铜可湿性粉剂500倍液、77%可杀得可湿性微粒粉剂500倍液、72%农用硫酸链霉素可溶性粉剂3000～4000倍液、47%加瑞农可湿性粉剂800倍液防治。