西红柿根腐病病原属半知菌亚门真菌，病菌以菌丝体和卵孢子随病残体在土壤中越冬。在苗床内传播主要是带菌的土壤、肥料、农具和浇水等。病菌从幼苗伤口侵入，再借雨水、灌溉水传播。高温、高湿宜于此病发生。苗床连茬、地面积水、施用未腐熟的肥料、地下害虫多、农事活动造成根部伤口多的地块发病较重。当土温低于20℃，且持续时间较长时，易诱发此病。根腐病是真菌土传病害，发生与气候条件关系很大，苗床低温高湿和光照不足，是引发此病的主要环境条件，发病后根部发生腐烂。根腐病可以用络氨铜、氯溴异氰尿酸、甲霜恶霉灵、咯菌腈或枯草芽孢杆菌加生根剂灌根，叶面喷施磷酸二氢钾加芸苔素调理。
