首先选用抗病优良品种种植；适时播种，合理密植；底肥多施腐熟农家肥或生物有机肥，追肥增施磷钾肥等；及时防控病虫害等。
1.轮作。2.平整土地。及时整修排涝系统，大雨后畦内不积水，消灭涝洼坑。3.培育健壮植株。4.束叶入夏降雨前应摘去下层黄叶，将绿叶向上拢起，用马蔺草松松捆扎，以免韭叶接触地面，这样植株之间可以通风，防止病害发生。5.化学防治。发病初期要及时喷药，药剂可选用25%甲霜灵可湿性粉剂750倍液，或58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂500倍液，或64%杀毒矾可湿性粉剂400倍液。
大棚韭菜疫病防治主要是控制好栩内温湿度，叶面喷施微肥，增强抗病能力。