主要引起苗枯、茎基腐、秆腐和穗腐，其中为害最严重的是穗腐。
小麦赤霉病的危害有如下方面：1、对产量及品质的危害；2、对人类健康的危害；3、对动物的危害。
小麦赤霉病是小麦的重要病害，主要影响产量和品质。在大流行年份，产量损失可达10%－40%；其质量下降，商品价值也低，病粒失去种用和工业价值；同时，由于病菌的低谢产物含有毒素，人畜食用后还会中毒。
如果小麦感染赤霉病，就会出现白穗、枯穗，严重的还会减产过半。
小麦赤霉病能够引起苗枯、穗腐、茎基腐、秆腐和穗腐，从幼苗到抽穗都有可能会受到伤害。其中影响最严重是穗腐。
小麦感染赤霉病会影响到小麦产量和品质。如果防治不当会造成小麦减产,严重的会造成绝收。
小麦赤霉病是小麦上一种流行性病害，主要分布于潮湿和半潮湿区域，尤其气候湿润多雨的温带地区受害严重。去年河南、安徽赤霉病发生严重，造成产量损失极大；另外，小麦感染赤霉病后品质降低，籽粒干瘪，出粉率降低；同时若小麦感染赤霉病的病麦率含量达到4%以上时将不能食用，小麦将失去商品价值。
小麦出现赤霉病后会出现苗枯、死穗严重的会出现大面积的减产。