菌丝丝状，有分隔，生长在寄主细胞间隙中，用吸器吸取小麦细胞内养料，在病部产生孢子堆。夏孢子单胞球形，鲜黄色，表面有细刺，大小(32~40)×22~29(um)，有发芽孔6~12个。冬孢子双胞，棍棒形，顶部扁平或斜切，分隔处略缢缩，大小36~68×12~20(um)，柄短。该菌致病性有生理分化现象，中国已发现29个生理小种，分别为条中1一29号，条锈菌生理小种很易产生变异，1950年以后已出现过5次优势小种的改变。
小麦条锈病主要发生在叶片上，其次是叶鞘和茎秆及穗部。苗期染病，叶片上产生多层轮状排列的鲜黄色夏孢子堆。成株叶片初发病时夏孢子堆为小长条状，鲜黄色，椭圆形，与叶脉平行，且排列成行，像缝纫机轧过的针脚一样，呈虚线状，后期表皮破裂，出现锈被色粉状物，用手触摸病斑，就在手上留下锈粉。