发病中期，有较多的病叶、病果，且少数病枝出现病害症状，此时病菌得到初步繁殖，菌量较多，一般防治不利、不及时，将会进入迅速蔓延阶段。
水稻细菌性基腐病的传播途径：细菌可在病稻草、病稻桩和杂草上越冬。病菌从叶片上水孔、伤口及叶鞘和根系伤口侵入，以根部或茎基部伤口侵入为主。侵入后在根基的气孔中系统感染，在整个生育期重复侵染。
病菌菌核随病残体在土壤中越冬，病菌可在土壤中存活5-10年，为引发病害的主要侵染源。病菌从根部伤口侵人，发病后在病部产生分生孢子，借雨水或灌溉水传播蔓延，进行再侵染，高温高湿、昼暖夜凉的天气利于发病。