小麦秆锈病主要为害小麦的茎秆和叶鞘，也可为害叶片和穗部。夏孢子堆长椭圆形，在3种小麦锈病中最大，隆起高，褐黄色，不规则散生。秆锈菌孢子堆穿透叶片的能力较强，导致同一侵染点叶正反面均出现孢子堆，而且叶背面的孢子堆一般都比正面的大。夏孢子堆椭圆形至狭长形，3毫米×10毫米，成熟后表皮大片开裂，并向外翻起如唇状，散出锈褐色夏孢子粉。后期产生黑色冬孢子堆，表皮破裂散出黑色锈粉状冬孢子。该病的病原菌是全孢型转主寄生的锈菌。在小麦上产生夏孢子和冬孢子。冬孢子萌发产生担孢子，担孢子侵染转主寄主小檗和十大功劳，在其叶片上产生性孢子器和锈孢子器，其中的锈孢子只侵染小麦，经发育后形成夏孢子堆并产生夏孢子。
小麦杆锈病主要发生在叶鞘和茎秆上，也为害叶片和穗部。夏孢子堆大，长椭圆形，深褐色或褐黄色，排列不规则，散生，常连接成大斑，成熟后表皮易破裂，表皮大片开裂且向外翻成唇状，散出大量锈褐色粉末，即夏孢子。小麦的成熟时，在夏孢子堆及其附近出现黑色椭圆至长条形冬孢子堆，后表皮破裂，散出黑色粉末状物，即冬孢子。三种锈病区别可用“条锈成行叶锈乱，秆锈是个大红斑”来概括。
小麦秆锈病是常见病害，主要为害叶片、叶鞘等部位，病斑上会长出夏孢子堆，呈椭圆形，深褐色，在成熟后会破裂，散发出锈褐色粉末。