预防土豆根腐病害通常不宜使用过多的含氯肥料，同时需要农户注意基肥的施用，有机肥，如施用完全腐熟的普通农家肥，基肥中如果是要施用化肥应与种薯距离3-5厘米，以免影响种薯萌发和出苗。预防土豆根腐病害还需要农户喷施叶面肥的时候把握时机，可以选在上午10点前或下午3点后喷施效果较佳，在土豆苗高30公分后可以喷第一遍，每间隔7天再喷第2遍和第3遍，注意提高土豆的吸收营养能力和膨大活力，促进土豆的发育速度。
预防土豆烂根病害或者在已出现土豆烂根病害的田间，要及时灌根或冲施微生物菌肥根小子，杀灭土壤中的有害菌，增加土壤中的有机质含量，平衡土壤中的微生物菌群数量，养护土豆的根系，让土豆健壮生长。
水合霉素与恶霉灵或甲硫与恶霉灵混配，能防治多种作物根部病害。
防治马铃薯根腐病的方法，一是合理轮作，合理施肥，合理密植。二是播种前进行药剂拌种。三是及时排除田间积水，保持田间通风透光条件良好。