白粉病会危害不同时期的小麦生长，前期主要侵害植株的叶片，而随着病害程度不断增加，会逐渐扩展到鞘、茎秆、穗部。在发病初期，小麦叶片先是出现黄点，然后随着时间推移，如果不能采取有效措施，黄点会逐渐成为圆形或椭圆形病斑，危害严重时，会形成白色霉斑，甚至会覆盖到整株。到了生长后期，白斑会按照灰白色、浅褐色的顺序成为小黑点状的闭囊壳。
小麦白粉病主要发生于叶片上，也可发生于植株叶鞘、茎秆和穗部。
病部最初出现白色霉点，后逐渐扩大为近圆形至椭圆形白色霉斑，霉层的厚度可达2mm左右，霉斑表面有一层白色粉状物。发病重时病斑连成一片，形成一大片白色至灰色的霉层。